Аэропорт «Богашево» обслуживает международные и внутренние авиарейсы. Прямое регулярное авиасообщение связывает Томск с Москвой, Санкт-Петербургом, Нижним Новгородом, Казанью, Екатеринбургом, Новосибирском, Красноярском, Абаканом и другими крупными городами России.
Также в Томск можно приехать поездом из Москвы, Красноярска, Новокузнецка, Тайги, Новосибирска, Абакана, Бийска и других городов.